Родился 4 сентября 1977 года в Днепропетровске. Футболом занимался с 7 лет. Вратарь сборной Украины. В 1993—1998 годах выступал за «Днепр» (Днепропетровск). В 1999—2000 годах — основной вратарь тираспольского «Шерифа». Сезон-2001 провёл в московском ЦСКА.

Бронзовый призёр чемпионата Европы 1994 года среди юношей.

Обладатель Кубка Молдавии (1999).

19 августа 2001 года в игре против «Анжи» в Махачкале при столкновении с нападающим Будуном Будуновым (Будун Будунов также получил тяжелейшую травму с потерей памяти, однако не только выжил, но и вернулся в большой футбол) получил серьёзную травму головы. Сначала травма казалась средней тяжести, Сергей был в сознании до конца матча. Но по дороге в аэропорт он впал в кому, повлёкшую клиническую смерть. Несмотря на все усилия врачей, в 5 часов утра 28 августа футболист скончался.

Заключение врачей: «остановка мозгового кровотока с последовавшей за этим гибелью клеток головного мозга».

Был женат, отец двух дочерей. Младшая родилась уже после смерти отца.

Отец Сергея написал книгу «Мой сын — вратарь».

Похоронен в Днепропетровске. Похороны Сергея посетили около 10 тысяч человек. Значительное количество болельщиков ЦСКА ранее посетило прощание с Перхуном в Москве, некоторые полетели в Днепропетровск. На гражданской панихиде присутствовали и фанаты «Спартака», и болельщики других клубов. На оставшихся матчах сезона ЦСКА болельщики выставляли на трибунах огромную футболку с номером и фамилией Перхуна